El Convento de Santo Domingo fue uno de los primeros en construirse en la nueva ciudad de Panamá, en 1678. Fue asolado por dos incendios en el siglo XVII, que derrumbaron la torre y sus interiores. Se mantuvieron en pie muros y arcos, con especial mención al arco rebajado, conocido como «chato», construido para sostener el coro de madera. Este arco sirvió para demostrar durante las negociaciones canaleras la estabilidad sísmica de Panamá. El arco actual es una reconstrucción del original, que se derrumbó en 2003.

El sitio actual del Museo del Arte Religioso Colonial fue anteriormente una capilla, que fue construida posterior al incendio que destruyó el templo y convento original. Importante en este complejo está la Torre Santo Domingo de 4 pisos que sirvió como sacristía de la iglesia contigua y en sus pisos superiores como cocina y dormitorio de los seminaristas. La historia del Convento Santo Domingo es parte fundamental del barrio San Felipe del Casco Antiguo.


Recientemente el edificio propiedad de la Arquidiócesis de Panamá, fue restaurado por la firma Saul Servín Arquitectura y Construcciones, brindando un hogar permanente a la más importante colección de arte latinoamericano de Panamá.